据报告，10%或更多的成人患者服用贝达喹啉后最常见的不良反应是恶心、关节痛、头痛、咯血和胸痛。

10%或以上(12岁至18岁以下)接受贝达喹啉治疗的儿童患者最常见的不良反应是关节痛、恶心和腹痛。

10%或以上(5岁至12岁以下)接受贝达喹啉治疗的儿童患者最常见的不良反应是肝酶升高。

死亡风险增加

在针对成年患者的安慰剂对照试验中(基于120周的就诊时间)，与安慰剂治疗组(281，2.5%)相比，贝达喹啉治疗组(979，11.4%)的死亡风险增加。在服用贝达喹啉的24周内发生1例死亡。

只有在无法提供有效治疗方案的情况下，才对5岁及以上的患者使用贝达喹啉。

QT间期延长

贝达喹啉可延长QT间期。开始治疗前，以及开始使用贝达喹啉治疗后至少2周、12周和24周，获取ECG。在基线检查时获取血清钾、钙和镁，如果异常，则予以纠正。如果检测到QT间期延长，则监测电解质。

尚未对室性心律失常或近期心肌梗死患者开展过贝达喹啉的研究。

对贝达喹啉产生耐药性的风险

结核分枝杆菌存在对贝达喹啉产生耐药性的可能性。贝达喹啉只能在治疗肺耐多药结核病的适当联合方案中使用，以降低对贝达喹啉产生耐药性的风险。

肝毒性

在临床试验中，与未添加贝达喹啉的其他结核病治疗药物相比，使用贝达喹啉和其他用于治疗结核病的药物在成人中报告了更多的肝脏相关不良反应。在使用贝达喹啉时，应避免使用酒精和其他肝毒性药物，尤其是肝功能受损的患者。据报告，5岁及以上的儿童患者也出现了与肝脏相关的不良反应。

在基线检查时、治疗期间和需要时每月监测症状(如疲劳、厌食、恶心、黄疸、尿暗、肝压痛和肝肿大)和实验室检查(ALT、AST、碱性磷酸酶和胆红素)。检测病毒性肝炎，如果出现新的或恶化的肝功能障碍，应停用其他肝毒性药物。