血液学毒性

骨髓抑制是剂量相关和剂量限制性的，粒细胞最低点出现在给药后7至14天，血小板最低点出现在给药后9至16天。骨髓恢复通常在第20天完成，没有累积毒性的报告。中性粒细胞减少症患者也有发热和感染的报告，有报告与骨髓抑制相关的死亡。

在与其他抗肿瘤药物联合使用依托泊苷治疗的患者中，很少报告有或没有白血病前期的急性白血病发生。

胃肠毒性

胃肠道毒性的主要反应是恶心和呕吐。此类恶心和呕吐的严重程度一般为轻度至中度，1%的患者需要停止治疗。

恶心和呕吐通常可以通过标准的止吐治疗加以控制。可能发生轻度至重度粘膜炎/食管炎。与静脉输注相比，口服给药后胃肠道毒性发生率略高。

低血压

据报告，1%至2%的患者在快速静脉注射后出现短暂性低血压。它与心脏毒性或心电图改变无关。未发现延迟性低血压。

为了防止这种罕见的情况发生，建议在30到60分钟的时间内缓慢静脉输注依托泊苷。如果出现低血压，通常会停止输液和输液或其他适当的支持治疗。重新开始输液时，应使用较慢的给药速率。

过敏反应

据报告，0.7%至2%接受依托泊苷静脉注射的患者和不到1%接受口服胶囊治疗的患者出现以寒战、发热、心动过速、支气管痉挛、呼吸困难和/或低血压为特征的过敏样反应。

脱发

高达66%的患者出现可逆性脱发，有时发展为完全脱发。

其他毒性

腹痛、回味、便秘、吞咽困难、乏力、疲劳、不适、嗜睡、暂时性皮质失明、视神经炎、间质性肺炎\肺纤维化、发热、癫痫发作(偶尔与过敏反应相关)、Stevens-Johnson综合征、中毒性表皮坏死松解、色素沉着、放射性皮炎。