康奈非尼的禁忌症有过敏患者禁用、严重肝功能损害禁用等，具体患者应在医生的指导下明确。有对康奈非尼或此药物中的任何成分过敏的患者，应禁止使用该药物。具有特定心脏问题，严重的不可控制的心血管疾病患者应禁用，康奈非尼可能对心脏功能产生影响。此外，由于康奈非尼主要通过肝脏代谢，重度肝损伤的患者使用该药物可能需要调整剂量或避免使用，以防止药物蓄积和毒性增加。

对于同时使用某些药物，康奈非尼与其他可能延长QT间期的药物或强效CYP3A4抑制剂（一种影响药物代谢的酶）合用时应谨慎，因为这可能增加不良反应的风险。康奈非尼对发育中的胎儿或新生儿可能有危害，因此对于孕妇和计划怀孕的女性不应使用此药。哺乳期妇女也应避免使用，因为药物可通过母乳喂养传递给婴儿。