肾脏毒性

患者接受西多福韦注射液治疗可能会产生肾脏毒性，具体表现为蛋白尿超过2+，血清肌酐升高且超过0.4mg/dL，或肌酐清除率明显下降≤55mL/min，有研究证实，既往使用过膦甲酸酯与肾毒性风险增加存在相关性，因此必须密切监测此类患者的肾脏功能变化情况。

中性粒细胞减少

在临床试验中，5mg/kg维持剂量下，24%的患者出现中性粒细胞绝对计数下降至≤500个细胞/mm³，有39%的患者使用了粒细胞集落刺激因子(GCSF)，以促进粒细胞的再生和增殖。

眼压降低或低眼压

在监测眼压变化的70例患者中，在5mg/kg维持剂量下，有17例(24%)患者眼压较基线降低了50%，其中有3例报告出现重度低眼压(眼压0-1mmhg)，眼压降低，可能会增加患者发生糖尿病的风险。

前葡萄膜炎或角膜炎

在西多福韦临床试验中和上市后，曾报道接受治疗的患者发生过葡萄膜炎或虹膜炎。一项纳入135例患者，接受5mg/kg维持剂量的研究中，有15例(11%)患者发生的葡萄膜炎或虹膜炎。若发生该不良反应，建议使用皮质类固醇治疗，可考虑局部使用或不使用环麻痹剂且在治疗期间，监测患者是否出现葡萄膜炎或虹膜炎的体征和症状。

代谢性酸中毒

有1%的患者报告范可尼综合征，该病的表现为近端肾小管功能的多种异常。接受西多福韦治疗的患者中，有16%的患者血清碳酸氢盐下降至≤16mmol/L。此外，接受西多福韦治疗，曾出现过代谢性酸中毒合并肝功能障碍和胰腺炎导致死亡的病例。